Қорақалпоғистон Республикасининг мактабларини педагог кадрлар билан таъминлаш мақсадида 1935-йилнинг 1-сентабрида Тўрткүл шаҳрида Қорақалпоқ давлат ўқитувчилар институти очилиб, у 1934-йили очилган таёрлик бөлимининг базасида ўз ишини бошлади. Институт очилган вақтда физика-математика ва қорақалпоқ тили ва адабиёти бўлимлари бўлди.
Физика-математика бўлимида биргина кафедра бўлиб, у физика-математика фанлари кафедраси деб аталадиган еди. 1935-йилдан бошлаб кафедрани доцент М.В.Щеглов бошқариб, у физика ва математика йўналишидаги, деярли барча фанларни ўқитди. Кейин кафедрага С.Б.Булатов ва Ф.Д.Кочановлар келиб қўшилди. С.Б.Булатов маҳаллий тилни биладиган ягона ўқитувчи еди. Булардан кейин 1936-1937-ўқиш йилида Ўзбекистан таълим халиқ комиссариатининг йўлламаси билан Ўрта Осиё давлат университетининг битирувчиси Умар Булешев келиб ишлай бошлади ва шу йилдан бошлаб кафедрага М.Г.Галикеев келиб, кафедра янада тўлишди, ўқитувчи маҳаллий тилда олиб бориш имконияти пайдо бўлди. Кафедра аъзолари республика мактаблари учин жуда зарур бўлган математика ва физика бўйича ўша пайтдаги дарсликларни қорақалпоқ тилига таржимаси бўйича катта ишлар олиб борди. Шунинг билан бирга қорақалпоқ тилининг математик ва физик терминологиясини ишлаб чиқиш бўйича бир қанча ишлар ишланди. Шунинг натижасида 1939-йили У.Булешев томонидан тузилган математик терминлар луғати ва С.Булатов тузган физик терминлар луғати қорақалпоқ тилида босилиб чиқди. Бу ютуқлар республикада физика-математика бўйича билим беришни ривожлантиришда катта аҳамиятга эга бўлди.
1944-йили ўқитувчилар институти педагогик институтга айлантирилди. 1948-1949-ўқув йилидан бошлаб, физика-математика фанлари кафедраси математика ва физика кафедралари бўлиб иккига бўлинди. 1969-йили шу математика кафедраси асосида математик анализ кафедраси ташкиллаштирилди. Шу йиллар ичида кафедрага доцентлардан О. Жийемуратов (1969-1976), О.Булешов (1976-1987), Қ.Қалжанов (1987-1992), С.Қосбергенов (1992-1994) ва (2000-2004), Б.Пренов (1995-1996), У.Раметов (1997-2000), Қ. Елгондиев. (2005-2009), Б. Отемуратов (2009-2011), С.Тлеумуратов (2011-2016), Қ. Елгондиев (2016-2019) рахбарлик этти.
Кафедра айниқса мустақиллик йилларида ўз ривожланишининг янги босқичига кўтарилди. Шу йиллар давомида кафедра ўқитувчилари орасидан 2 фан доктори (С. Қосбергенов 2001-йил, К. Қудайбергенов 2008-йил) ва 9 фан номзодлари етишиб чиқди.
Кафедра ўқитувчиларининг фаоллиги билан 1996 ва 2000-йилларда республика босқичида «Комплекс анализнинг актуал масалалари», «Дифференциал тенгламалар ва уларнинг қўлланилиши» атамасидаги, 2012-йил «Комплекс ва функционал анализнинг ҳозирги замон масалалари» атамасидаги Республика илимий-назарий конференциялар университетимизда ўтказилди.
1999-йилдан бошлаб «Математик анализ» ва «Дифференциал тенгламалар» мутахассислиги бўйича магистратура очилган эди. Ҳозирги кунда «Математика» (йўналишлар бўйича) мутахассислиги магистрантларига кафедра ўқитувчилари асосий дарсларни ўқитмоқда. Магистратурани муаффақиятли тамомлаган магистрантлар халқ хўжалигининг турли соҳаларида ишлаб келмоқда. Улардан: Сейтназаров Қуўанышбай техника фанлари доктори (ТАТУ, Нукус филиали декани), Нуржанов Бердах философия доктори (PhD) (ҚДУ, математик анализ кафедраси катта ўқитувчиси), Изетаева Гулбаҳар философия доктори (PhD) (ҚДУ, математик анализ кафедраси ассистенти), физ.-мат.фанлари таянч докторантлари Бекимов Мансур, Хасанов Музаффар ва бошқалар кафедранинг фаҳри ҳисобланади.
2018 йил математик анализ кафедраси таркибидан «Дифференциал тенгламалар ва математик физика» мутахассислиги бўйича магистратура очилди. 2019 йилдан бошлаб математик анализ кафедраси базасидан «Дифференциал тенгламалар» кафедраси бўлиниб чиқди. Кафедрани физика-математика фанлари номзоди, доцент Елгондиев Қуаныш бошқариб келмоқда. Дифференциал тенгламалар кафедрасида доцентлар Омаров Аллаберген, Нуржанов Орынбай, Қурбанбаев Өтебай, Танирбергенов Муратбек, Отарова Жамила, ассистентлар Баймуратова Клара Ережепова Шийрин, Қылышбаева Гулназ, ўқитувчи стажёр Қощанов Алланазар иш олиб бормоқда.
