В Каракалпакском госдударственном университете научно-исследовательские деятельности осуществляется нижеследющим направлениям:

— проведение научных исследований в рамках государственных грантов;

• выполения научных исследований на основе хоздоговорных работ по заказам хозяйственных субъектов;

• подготовка научно-педагогических кадров (докторантура),

• проведение научных исследований по программам международных фондов и организации;

• привлекать одаренных студентов в научно-исследовательской деятельности;

• выполнения научно-исследовательских работ в рамках инциативным темам кафедр университета;

• организация, проведения и активное участия научных конференции;

• организовать научно-инновационного сотрудничества между высшего образования, науки и производства;

• проведение университетского этапа предметных олимпиад и государственных стипендии среди одаренных студентлер университета.